La investigadora Elisabetta Mereu, experta en análisis de datos de single-cell, se incorpora al Instituto Josep Carreras para liderar el nuevo grupo de Genómica de Sistemas Celulares. Su laboratorio adoptará una perspectiva single-cell, permitiendo la creación de perfiles moleculares de tejidos con gran precisión y resolución espaciotemporal. Su grupo desarrollará nuevos enfoques de machine learning y herramientas de código abierto, para identificar mecanismos moleculares ocultos en grandes conjuntos de datos.

En la intersección entre genómica, patología digital e inteligencia artificial, el grupo de Genómica de Sistemas Celulares tiene como objetivo definir la organización espacio-temporal de tejidos complejos sanos y patológicos. Un tejido es una matriz heterogénea de diferentes tipos de células, cada una con sus propias habilidades y funciones, que trabajan juntas para alcanzar un objetivo común. Cada célula de un tejido funciona de acuerdo con su contexto y posición, comunicándose con sus células vecinas mediante un conjunto particular de rutas moleculares. Si alguna de estas rutas se ve afectada, la función normal del tejido puede estar en riesgo.

Por lo tanto, es fundamental comprender cómo se comportan las células en sistemas tan complejos, ya sea en condiciones normales como patológicas, para desarrollar estrategias correctivas. El grupo de Mereu desarrollará su investigación desde la perspectiva de la biología de sistemas, centrándose en la identificación de los mecanismos reguladores clave que impulsan la heterogeneidad en la identidad y función celular, particularmente en el contexto de la inflamación, los trastornos inflamatorios y las enfermedades autoinmunes.

“En una perspectiva a corto plazo, estos métodos ayudarán a comprender los mecanismos de la enfermedad, permitiendo la estratificación de los pacientes en función de sus características moleculares y celulares y proporcionando, en última instancia, nuevos objetivos terapéuticos para sus tratamientos”, afirma la Dra. Mereu.

La carrera de Elisabetta Mereu

Elisabetta Mereu realizó un máster en Matemáticas en la Universidad de Cagliari (Italia) en 2009. En 2015, obtuvo un doctorado en Genética en el Hospital Pediátrico Microcitemico y la Universidad de Cagliari. Durante su doctorado, trabajó en el Instituto de Genética e Investigación Biomédica (IRGB, Consejo Nacional de Investigación - Cagliari, Italia) y en la Universidad de California (UCSF) en el departamento de Neurología, en proyectos de investigación sobre el interrogatorio de genoma- conjuntos de datos a escala para la identificación de mutaciones genéticas y la integración de información reguladora en el contexto de la susceptibilidad a enfermedades complejas.

En 2016 empezó a trabajar como postdoctorado computacional en el Centro Nacional de Análisis Genómico de España (CNAG-CRG, Barcelona). Su investigación se centra en el análisis e interpretación de datos de single-cell para determinar la composición celular de los tejidos y realizar un seguimiento de la dinámica transcripcional en la salud y la enfermedad. Trabaja en una amplia gama de proyectos en colaboración con grupos de investigación y consorcios nacionales e internacionales, como Human Cell Atlas y European Pancreas Cell Atlas ESPACE. Trabajó extensamente en la comparación sistemática de protocolos de RNA-seq single-cell, además de estar familiarizada con diversas tecnologías single-cell y su integración de datos. Su experiencia incluye el desarrollo de herramientas de machine learning, como la herramienta matchSCore2 para la anotación automática de tipos de células, así como otros métodos computacionales para el análisis de datos genómicos de single-cell. Durante su posdoctorado, publicó más de 10 artículos, 2 de ellos como primer autor, en revistas científicas de alto impacto, como Nature Biotechnology, Genome Biology, Cell Stem Cell y Genome Research. En 2020 obtuvo una Beca Postdoctoral Superior Juan de la Cierva.