Amb certa freqüència, les teràpies contra el càncer (inicialment prometedores) fallen quan s'apliquen a pacients en l'entorn clínic real. Això passa tot i que molts d'aquests nous tractaments demostren resultats esperançadors en l'etapa preclínica al laboratori. Una explicació és que molts models tumorals utilitzats en les primeres fases d'investigació són línies cel·lulars establertes que han estat creixent durant moltes dècades i en matrassos de cultiu de dues dimensions (2D). És possible que aquestes cèl·lules canceroses no s'assemblin completament als tumors reals de pacients que s'expandeixen en tres dimensions (3D) i comparteixen del tot les seves característiques.

Molt recentment, ha estat possible desenvolupar organoïds als laboratoris, models de càncer, respectant l'estructura 3D. Sabem molt poc sobre aquestes cèl·lules i si realment imiten la conformació del tumor dins el cos, particularment les modificacions químiques de l'ADN "més enllà de la genètica", epigenètiques, que sense alterar els gens regulen la seva expressió, com la metilació de l'ADN.

Un article publicat a la revista Epigenetics pel grup del Dr. Manel Esteller, director de l'Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras, professor d'investigació ICREA i catedràtic de Genètica de la Universitat de Barcelona, ​​descriu el primer estudi exhaustiu del perfil epigenètic dels organoïds tumorals humans, validant l'ús d'aquestes mostres per a la investigació del càncer i el desenvolupament de nous tractaments oncològics.

"El nostre article resol una necessitat biomèdica no satisfeta en el camp de la investigació del càncer: la caracterització de l'empremta digital epigenètica dels organoïds dels tumors humans. El nostre estudi mostra que aquests models tumorals poden ser molt útils a la comunitat biomèdica per investigar l'origen i progressió del càncer, així com per assajar nous medicaments”, afirma Manel Esteller, i explica: “Primer, vam mostrar que cada organoïd cancerós conserva les propietats del teixit d'origen: si les mostres es van obtenir de la cirurgia d'un càncer de còlon o de pàncrees, l’organoïd s'assembla molt al tumor primari original. Segon, no hi ha contaminació de cèl·lules normals, per tant, les cèl·lules malignes transformades pures poden ser analitzades sense interferències. Finalment, els càncers d’organoïds 3D estan més a prop dels tumors dels pacients que les línies cel·lulars 2D d'ús comú."

Dues de les conseqüències més rellevants de les dades obtingudes amb aquest estudi és la seva naturalesa oberta: S’ha generat una gran quantitat de dades a analitzar amb bigdata que s’han posat a disposició de la comunitat investigadora. D’altra banda, s’ofereix l’intercanvi de mostres entre investigadors per promoure més estudis en col·laboració.

“Hem dipositat tots els resultats obtinguts en bases de dades públiques de fàcil accés i, d'aquesta manera, tots puguin realitzar noves anàlisis i produir més descobriments sobre el càncer utilitzant diferents enfocaments bioinformàtics o centrant-se en gens particulars. A més, i això és molt important, els organoïds cancerosos caracteritzats poden obtenir-se fàcilment d'un proveïdor fiable (American TypeCultureCollection, ATCC).D'aquesta manera els investigadors de tot el món poden utilitzar la informació epigenètica d'aquestes mostres i compartir-la per posar en comú les seves investigacions i avançar en la comprensió i cura contra el càncer.” Conclou l’investigador.